C'est une des plus anciennes communautés luthériennes hors d'Allemagne.
Pour ce qui est des questions religieuses, la République se montrait ouverte, tant que la sécurité de l'état n'était pas en jeu. La pensée de Martin Luther s'étendit rapidement grâce au Fondaco dei Tedeschi, inauguré en 1508, le culte y est célébré plus ou moins clandestinement.

Mais à partir de 1542, l'inquisition frappe sans pitié, au cours des 50 années suivante 219 fidèles sont accusés d'hérésie, beaucoup d'entre eux noyés dans la lagune.

Les habitants du Fondaco sont mieux lotis, car les Allemands sont de précieux partenaires commerciaux.
Le père de Goethe écrit : "Les adeptes de la foi luthérienne célèbrent leur culte dans le Fondaco dei Tedeschi, avec l'autorisation tacite de la République. Toutefois, ils ont intelligence et la prudence de ne pas donner accès à des inconnus et leurs pasteurs portent des vêtements civiles" (Voyage en Italie).

Cette situation ambiguë perdure jusqu'à la chute de la République en 1797.

Napoléon instaure la liberté de culte.

En 1813, la communauté achète l'ancienne scuola pour en faire son église.